;; Akemann W, Knopfel T. Interaction of Kv3 potassium channels and
;; resurgent sodium current influences the rate of spontaneous firing of
;; Purkinje neurons. J Neurosci. 2006 Apr 26;26(17):4602-12.

(nemo-model Na

  ((input v )
	     
   (const Vrest   = -68)
   (const diam    = 20)
   (const celsius = 24)
   
   (const temp_adj = (pow (3 ((celsius - 22) / 10))))

   (component (type membrane-capacitance)
	   (const C_m = 1)
	   (output C_m))

   (functor (name Nafun) (type ion-channel) 
	    ( Na_Con Na_Coff Na_Oon Na_Ooff Na_alfac Na_btfac
		     Na_alpha Na_beta Na_gamma Na_delta Na_epsilon Na_zeta Na_x1 Na_x2
		     Na_x3 Na_x4 Na_x5 Na_x6 ) =
		     
		     (component (type gate)
				
		;; rate functions
		(f01 = (4.0 * Na_alpha * exp (v / Na_x1) * temp_adj))
		(f02 = (3.0 * Na_alpha * exp (v / Na_x1) * temp_adj))
		(f03 = (2.0 * Na_alpha * exp (v / Na_x1) * temp_adj))
		(f04 = (Na_alpha * exp (v / Na_x1) * temp_adj))
		(f0O = (Na_gamma * exp (v / Na_x3) * temp_adj))
		(fip = (Na_epsilon * exp (v / Na_x5) * temp_adj))
		(f11 = (4.0 * Na_alpha * Na_alfac * exp (v / Na_x1) * temp_adj))
		(f12 = (3.0 * Na_alpha * Na_alfac * exp (v / Na_x1) * temp_adj))
		(f13 = (2.0 * Na_alpha * Na_alfac * exp (v / Na_x1) * temp_adj))
		(f14 = (Na_alpha * Na_alfac * exp (v / Na_x1) * temp_adj))
		(f1n = (Na_gamma * exp (v / Na_x3) * temp_adj))
		
		(fi1 = (Na_Con * temp_adj))
		(fi2 = (Na_Con * Na_alfac * temp_adj))
		(fi3 = (Na_Con * Na_alfac * Na_alfac * temp_adj))
		(fi4 = (Na_Con * Na_alfac * Na_alfac * Na_alfac * temp_adj))
		(fi5 = (Na_Con * Na_alfac * Na_alfac * Na_alfac * Na_alfac * temp_adj))
		(fin = (Na_Oon * temp_adj))
		
		(b01 = (Na_beta * exp (v / Na_x2) * temp_adj))
		(b02 = (2.0 * Na_beta * exp (v / Na_x2) * temp_adj))
		(b03 = (3.0 * Na_beta * exp (v / Na_x2) * temp_adj))
		(b04 = (4.0 * Na_beta * exp (v / Na_x2) * temp_adj))
		(b0O = (Na_delta * exp (v / Na_x4) * temp_adj))
		(bip = (Na_zeta * exp (v / Na_x6) * temp_adj))
		
		(b11 = (Na_beta * Na_btfac * exp (v / Na_x2) * temp_adj))
		(b12 = (2.0 * Na_beta * Na_btfac * exp (v / Na_x2) * temp_adj))
		(b13 = (3.0 * Na_beta * Na_btfac * exp (v / Na_x2) * temp_adj))
		(b14 = (4.0 * Na_beta * Na_btfac * exp (v / Na_x2) * temp_adj))
		(b1n = (Na_delta * exp (v / Na_x4) * temp_adj))
		
		(bi1 = (Na_Coff * temp_adj))
		(bi2 = (Na_Coff * Na_btfac * temp_adj))
		(bi3 = (Na_Coff * Na_btfac * Na_btfac * temp_adj))
		(bi4 = (Na_Coff * Na_btfac * Na_btfac * Na_btfac * temp_adj))
		(bi5 = (Na_Coff * Na_btfac * Na_btfac * Na_btfac * Na_btfac * temp_adj))
		(bin = (Na_Ooff * temp_adj))
		
		(reaction
		    (Na_z
		     (transitions
		      (<-> C1 C2 f01 b01)
		      (<-> C2 C3 f02 b02)
		      (<-> C3 C4 f03 b03)
		      (<-> C4 C5 f04 b04)
		      (<-> C5 O  f0O b0O)
		      (<-> O  B  fip bip)
		      (<-> O  I6 fin bin)
		      (<-> I1 I2 f11 b11)
		      (<-> I2 I3 f12 b12)
		      (<-> I3 I4 f13 b13)
		      (<-> I4 I5 f14 b14)
		      (<-> I5 I6 f1n b1n)
		      (<-> C1 I1 fi1 bi1)
		      (<-> C2 I2 fi2 bi2)
		      (<-> C3 I3 fi3 bi3)
		      (<-> C4 I4 fi4 bi4)
		      (<-> C5 I5 fi5 bi5))

		      (conserve (1 = (C1 + C2 + C3 + C4 + C5 + O + B + I1 + I2 + I3 + I4 + I5 + I6)))
		     
		     (open O)   (power 1)))
		   
		   (output Na_z )  
		   
		   )
			
		(component (type pore)
			   (const  gbar  = 0.016)
			   (output gbar ))
		
		(component (type permeating-ion) (name na)
			   (const e = -88)
			   (output e ))
		
		) ;; end Nafun functor



     (component (name Na) =
		Nafun ((const Na_Con   = 0.005)
		       (const Na_Coff  = 0.5)
		       (const Na_Oon   = 2.3)
		       (const Na_Ooff  = 0.005)
		       
		       (const Na_alfac = (pow ((Na_Oon / Na_Con) (1.0 / 4.0))))
		       (const Na_btfac = (pow ((Na_Ooff / Na_Coff) (1.0 / 4.0))))
		       
		       (const Na_alpha = 150)
		       (const Na_beta  = 3)
		       (const Na_gamma = 150)
		       (const Na_delta = 40)
		       (const Na_epsilon = 1e-12)
		       (const Na_zeta = 0.03)
		       (const Na_x1 = 20)
		       (const Na_x2 = -20)
		       (const Na_x3 = 1000000000000.0)
		       (const Na_x4 = -1000000000000.0)
		       (const Na_x5 = 1000000000000.0)
		       (const Na_x6 = -25)))
     ;; end Na current

     (component (name Narsg) =
		Nafun ((const Na_Con   = 0.005)
		       (const Na_Coff  = 0.5)
		       (const Na_Oon   = 0.75)
		       (const Na_Ooff  = 0.005)
		       
		       (const Na_alfac = (pow ((Na_Oon / Na_Con) (1.0 / 4.0))))
		       (const Na_btfac = (pow ((Na_Ooff / Na_Coff) (1.0 / 4.0))))
		       
		       (const Na_alpha = 150)
		       (const Na_beta  = 3)
		       (const Na_gamma = 150)
		       (const Na_delta = 40)
		       (const Na_epsilon = 1.75)
		       (const Na_zeta = 0.03)
		       (const Na_x1 = 20)
		       (const Na_x2 = -20)
		       (const Na_x3 = 1000000000000.0)
		       (const Na_x4 = -1000000000000.0)
		       (const Na_x5 = 1000000000000.0)
		       (const Na_x6 = -25)))
     ;; end Narsg current

   ))